BiocondaとBiobuilds

  • condaは各プラットフォームにあわせてbuild済みのファイルを配布できる。
  • pythonのパッケージに限らず、なんでもcondaで配布が可能。
  • bioinfoのツールを配布するBiocondaとBiobuildsというプロジェクトがある。

<img src="Screenshot 2016-05-27 at 13.33.47.png"/ width=500 align="left"><img src="Screenshot 2016-05-27 at 13.33.38.png"/ width=500 align="right">

  • cufflinksやbowtieなど主要なNGS解析用ツールはありそう
  • bioberlや一部のbioconductorのパッケージもある
  • hisat2のような新し目のものもbiocondaにはある
bioconda biobuilds
パッケージ数 1138 350
こちらにしかないパッケージ例 hisat2 Rやperlの追加モジュール
platform linuxだけのものも多い ほとんどosx対応

需要があるか不明だが、condaを使った環境管理が可能 (^^

インストール例

conda create -n NGS -c bioconda cufflinks bowtie2
The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    libgcc-5.2.0               |                0         1.1 MB
    perl-threaded-5.22.0       |               10        11.2 MB
    sqlite-3.13.0              |                0         4.0 MB
    zlib-1.2.8                 |                3         101 KB
    bowtie2-2.2.8              |           py35_2        10.6 MB
    cufflinks-2.2.1            |           py35_1        47.9 MB
    setuptools-21.2.1          |           py35_0         460 KB
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:        75.3 MB
activate NGS
cufflinks
#>>>cufflinks v2.2.1
#>>>linked against Boost version 104700
#>>>-----------------------------
#>>>Usage:   cufflinks [options] <hits.sam>
#>>>General Options:
#>>>  -o/--output-dir              write all output files to this directory              [ default:     ./ ]
#>>>  -p/--num-threads             number of threads used during analysis                [ default:      1 ]

動くっぽい。

まだ一年立ってないのでどうなるか不明だけど、bioconductorみたいに育ったらいいなと期待☆