#!/usr/bin/env python
# coding: utf-8

# In[1]:


get_ipython().system('date')


# In[2]:


get_ipython().run_cell_magic('bash', '', 'system_profiler SPSoftwareDataType\n')


# In[3]:


get_ipython().run_cell_magic('bash', '', 'wget http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/source/stacks-1.37.tar.gz\n')


# In[5]:


cp stacks-1.37.tar.gz /usr/local/bioinformatics/


# In[6]:


ls /usr/local/bioinformatics/stacks*


# In[7]:


tar -zxvf /usr/local/bioinformatics/stacks-1.37.tar.gz


# In[8]:


get_ipython().run_cell_magic('bash', '', 'tar -zxvf /usr/local/bioinformatics/stacks-1.37.tar.gz\n')


# In[9]:


get_ipython().run_cell_magic('bash', '', 'wget https://github.com/sparsehash/sparsehash/archive/master.zip\n')


# In[12]:


get_ipython().run_cell_magic('bash', '', 'unzip master.zip\n')


# In[13]:


cd sparsehash-master/


# In[14]:


get_ipython().run_cell_magic('bash', '', './configure\n')


# In[15]:


get_ipython().run_cell_magic('bash', '', 'make\n')


# In[16]:


get_ipython().run_cell_magic('bash', '', 'make install\n')


# In[17]:


cd /usr/local/bioinformatics/


# In[19]:


get_ipython().run_cell_magic('bash', '', 'tar -zxvf stacks-1.37.tar.gz\n')


# In[20]:


ls stack*


# In[21]:


get_ipython().run_cell_magic('bash', '', 'wget https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.19/samtools-0.1.19.tar.bz2\n')


# In[22]:


ls /Users/Sam/samtools-0.1.19.tar.bz2


# In[24]:


get_ipython().run_cell_magic('bash', '', 'bunzip2 /Users/Sam/samtools-0.1.19.tar.bz2\n')


# In[25]:


ls /Users/Sam/samtools-0.1.19*


# In[27]:


get_ipython().run_cell_magic('bash', '', 'tar -xjf /Users/Sam/samtools-0.1.19.tar\n')


# In[28]:


ls


# In[29]:


cd samtools-0.1.19/


# In[30]:


cd samtools-0.1.19/


# In[31]:


get_ipython().run_cell_magic('bash', '', './configure\n')


# In[32]:


ls


# In[33]:


get_ipython().run_cell_magic('bash', '', 'make\n')


# In[34]:


cd ../stacks-1.37/


# In[35]:


get_ipython().run_cell_magic('bash', '', './configure --disable-openmp --enable-sparsehash --enable-bam\n')


# In[36]:


get_ipython().run_cell_magic('bash', '', 'make\n')


# ./configure --with-bam-include-path=/usr/local/bionformatics/samtools-0.1.19