#!/usr/bin/env python
# coding: utf-8

# ## Ubuntuパッケージのインストール
# Ubuntuのパッケージは、jupyterノートブックからも可能です。
# 
# 以下に、
# [Vagrantで構築したjupyterノートブック](https://github.com/take-pwave/notebook)
# を実行するのに必要なパッケージのインストール手順を例に説明します。
# 
# 以下のパッケージをインストールします。
# - libmagickwand-dev: 画像の変換用
# - jags: 階層ベイズ解析ツール
# - gdal-bin: 地理データ変換ツール
# - mecab, libmecab-dev, mecab-ipadic-utf8: 日本語形態素解析ツール
# 

# In[1]:


get_ipython().run_cell_magic('bash', '', 'sudo apt-get install -y libmagickwand-dev\nsudo apt-get install -y jags \nsudo apt-get install -y gdal-bin\nsudo apt-get install -y wget\nsudo apt-get install -y mecab libmecab-dev mecab-ipadic-utf8\n')


# ## pythonパッケージのインストール
# 次にpythonパッケージをインストールします。
# 
# sageの環境にpythonパッケージをインストールするために、sage -pipコマンドをroot権限で使用します。

# In[3]:


get_ipython().run_cell_magic('bash', '', 'sudo sage -pip install pandas\nsudo sage -pip install ggplot\nsudo sage -pip install Wand\nsudo sage -pip install seaborn\nsudo sage -pip install pyjags\nsudo sage -pip install sklearn\nsudo sage -pip install xlsxWriter xlrd xlwt\nsudo sage -pip install python-nvd3\nsudo sage -pip install mecab-python\n')


# ## Rパッケージのインストール
# 最後に、Rパッケージをインストールします。
# 

# In[5]:


get_ipython().run_cell_magic('bash', '', 'sudo sage -R --no-save <<EOF\noptions(repos=\'http://cran.us.r-project.org\')\ninstall.packages(\'ggplot2\')\ninstall.packages(\'jsonlite\')\ninstall.packages(\'glmmML\')\ninstall.packages("coda")\ninstall.packages("car")\ninstall.packages("FNN")\ninstall.packages("MASS")\nEOF\n')


# ## dockerイメージの作成
# このままでは、dockerのコンテナを終了するとインストールしたパッケージが保存されません。
# 
# docker　RUNを実行したターミナルで、実行中のコンテナ名を取得します。
# 
# ```bash
# $ docker ps
# CONTAINER ID        IMAGE                 COMMAND                  CREATED             STATUS              PORTS                      NAMES
# 5b02077bee94        takepwave/primesage   "/opt/sage_launche..."   34 minutes ago      Up 34 minutes       127.0.0.1:8888->8888/tcp   xenodochial_shirley
# ```
# 
# ここでは、xenodochial_shirleyがコンテナ名となっています。
# docker commitコマンドで上記のコマンドで実行した結果をイメージ(my-sagemath)に保存します。
# 
# ```bash
# $ docker commit xenodochial_shirley my-sagemath
# sha256:b08230d9127c4bf82e9dc54c403ee645e3f0d9b6e6f7994a226783dde5d34426
# ```
# 
# 出来上がったイメージは、docker imagesコマンドで確認できます。
# 
# ```bash
# $ docker images
# REPOSITORY            TAG                 IMAGE ID            CREATED             SIZE
# my-sagemath           latest              b08230d9127c        31 seconds ago      7.04 GB
# ```
# 
# これで、次回以降は以下のコマンドでノートブックを実行すれば、インストールしたパッケージが利用できます。
# 
# ```bash
# $ docker run -p 127.0.0.1:8888:8888 -d -t my-sagemath  /opt/sage_launcher \
# 	-sh -c "ipython notebook --no-browser --ip='0.0.0.0' --port=8888"
# ```

# In[ ]: