install.packages(c('jsonlite', 'curl')) #устанавливаем пакеты, если они не установлены

library(jsonlite)

data<-fromJSON('http://botsad.ru/hitem/json/?collectedby=Пименова') # на загрузку данных может потребоваться время

data$data

http_api_base_url <- 'http://botsad.ru/hitem/json/?'
search_parameters <- c('collectedby', 'Пименова', 'identifiedby', 'Крестов')

search_url <- paste(http_api_base_url, paste(search_parameters[c(TRUE, FALSE)], search_parameters[c(FALSE, TRUE)], sep='=', collapse='&'), sep='')

new_data <- fromJSON(search_url)

dim(new_data$data)

new_data$data

new_data$data$dethistory

my_data <- data$data

data.frame(table(my_data$family))

library(vegan)

diversity(table(my_data$family))

araliaceae_records <- fromJSON('http://botsad.ru/hitem/json/?family=Araliaceae')

araliaceae_records

export_data <- araliaceae_records$data[,c('id','species_fullname','collectors','latitude','longitude','altitude')]

export_data

write.csv(export_data, file='araliacea_dataset.csv')

search_parameters1 <- c('identifiedby', 'Пименова', 'collectedby', 'Пименова')
search_parameters2 <- c('identifiedby', 'Крестов', 'collectedby', 'Крестов')
search_url1 <- paste(http_api_base_url, paste(search_parameters1[c(TRUE, FALSE)], search_parameters1[c(FALSE, TRUE)], sep='=', collapse='&'), sep='')
search_url2 <- paste(http_api_base_url, paste(search_parameters2[c(TRUE, FALSE)], search_parameters2[c(FALSE, TRUE)], sep='=', collapse='&'), sep='')

search_url1

search_url2

dataset1 <- fromJSON(search_url1)
dataset2 <- fromJSON(search_url2)

df1<-data.frame(dataset1$data)
df2<-data.frame(dataset2$data)

merged_data <- rbind(df1, df2)

dim(df2)
dim(df1)
dim(merged_data)

data_without_dups<-merged_data[!duplicated(merged_data$id),]

dim(data_without_dups)

library('rgdal')
shape_rgdal <- readOGR(dsn=path.expand("/home/dmitry/workspace/herbs/herbs/docs/tutorial/R/ru/sakhalin"), layer="sakhalin")

shape_rgdal

bbox<-shape_rgdal@bbox

as.numeric(bbox)

lonl<-as.numeric(bbox)[1]
lonu<-as.numeric(bbox)[3]
latl<-as.numeric(bbox)[2]
latu<-as.numeric(bbox)[4]

search_parameters_sakhalin <- c('lonl', lonl, 'lonu', lonu, 'latl', latl, 'latu', latu)

search_url_sakhalin <- paste(http_api_base_url, paste(search_parameters_sakhalin[c(TRUE, FALSE)], search_parameters_sakhalin[c(FALSE, TRUE)], sep='=', collapse='&'), sep='')

search_url_sakhalin

sakhalin_data <- fromJSON(search_url_sakhalin)

dim(sakhalin_data$data)

number_in_rectangle <- dim(sakhalin_data$data)[1]

sprintf("Таким образом, количество точек, принадлежащих прямоугольной области включающей о.Сахалин: %d", number_in_rectangle)

library(sp)

sakhalin_nonfiltered <- sakhalin_data$data

coordinates(sakhalin_nonfiltered) <- cbind(sakhalin_nonfiltered$longitude , sakhalin_nonfiltered$latitude)

sakhalin_nonfiltered@proj4string <- CRS(proj4string(shape_rgdal))

sakhalin_filtered<-sakhalin_nonfiltered[shape_rgdal,]

dim(sakhalin_filtered)

number_in_sakhalin <- dim(sakhalin_filtered)[1]

sprintf('Число записей, принадлежащих прямоугольной области, но не принадлежащих контуру о. Сахалин: %d', number_in_rectangle -number_in_sakhalin)

sprintf('Дата выполнения кода документа: %s', Sys.Date())