<img src="Screenshot 2016-05-27 at 13.33.47.png"/ width=500 align="left"><img src="Screenshot 2016-05-27 at 13.33.38.png"/ width=500 align="right">
bioconda | biobuilds | |
---|---|---|
パッケージ数 | 1138 | 350 |
こちらにしかないパッケージ例 | hisat2 | Rやperlの追加モジュール |
platform | linuxだけのものも多い | ほとんどosx対応 |
需要があるか不明だが、condaを使った環境管理が可能 (^^
インストール例
conda create -n NGS -c bioconda cufflinks bowtie2
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
libgcc-5.2.0 | 0 1.1 MB
perl-threaded-5.22.0 | 10 11.2 MB
sqlite-3.13.0 | 0 4.0 MB
zlib-1.2.8 | 3 101 KB
bowtie2-2.2.8 | py35_2 10.6 MB
cufflinks-2.2.1 | py35_1 47.9 MB
setuptools-21.2.1 | py35_0 460 KB
------------------------------------------------------------
Total: 75.3 MB
activate NGS
cufflinks
#>>>cufflinks v2.2.1
#>>>linked against Boost version 104700
#>>>-----------------------------
#>>>Usage: cufflinks [options] <hits.sam>
#>>>General Options:
#>>> -o/--output-dir write all output files to this directory [ default: ./ ]
#>>> -p/--num-threads number of threads used during analysis [ default: 1 ]
動くっぽい。
まだ一年立ってないのでどうなるか不明だけど、bioconductorみたいに育ったらいいなと期待☆